包皮炎的治疗药物需根据病因选择，一般细菌感染引起的包皮炎可选用莫匹罗星软膏等，通常用药后数天内症状会有所改善。
细菌感染性包皮炎用药
莫匹罗星软膏： 属于外用抗生素，能抑制细菌蛋白质合成，从而发挥抗菌作用，适用于革兰阳性球菌引起的包皮感染，一般局部涂抹后几天可见效，但要注意对莫匹罗星过敏者禁用。夫西地酸乳膏： 对引起包皮感染的常见细菌有较好的抗菌活性，通过抑制细菌的蛋白质合成来发挥杀菌作用，使用时需清洁包皮局部后涂抹，孕妇及哺乳期妇女需在医生指导下使用。
真菌感染性包皮炎用药
克霉唑乳膏： 为广谱抗真菌药，作用机制是抑制真菌细胞膜的合成及影响其代谢过程，可用于念珠菌等真菌感染引起的包皮炎，使用时避免接触眼睛和其他黏膜，如用药部位有烧灼感等不适需停药。酮康唑乳膏： 能抑制真菌麦角固醇的生物合成，对多种真菌有抗菌作用，用于治疗念珠菌等引起的包皮真菌感染，儿童应在医生指导下使用，避免长期大面积使用。
过敏因素导致包皮炎用药
氢化可的松乳膏： 属于糖皮质激素类药物，具有抗炎、抗过敏作用，可缓解过敏引起的包皮炎症状，使用时注意不宜长期大面积使用，否则可能引起皮肤萎缩等不良反应，孕妇和哺乳期妇女应权衡利弊后使用。氯雷他定片： 是抗组胺药物，通过阻断组胺受体发挥抗过敏作用，可用于过敏导致包皮炎伴有瘙痒等症状的情况，2岁以下儿童用药需咨询医生，肝功能不全者需慎用。