卵巢囊肿的引起原因较多，其中生理性囊肿较为常见，比如卵泡囊肿，通常是在排卵后，卵泡没有正常萎缩，持续存在形成囊肿，这种情况一般在月经周期的特定阶段出现，多数会在2-3个月经周期内自行消失。而病理性囊肿的引发因素则相对复杂。
内分泌因素
激素失衡影响： 卵巢是产生和调节女性激素的重要器官，当体内激素水平紊乱时容易引发卵巢囊肿。比如雌激素水平过高，可能刺激卵巢组织异常增生形成囊肿。像一些长期压力大、生活不规律的女性，内分泌容易失调，增加卵巢囊肿风险。垂体功能异常： 垂体与卵巢功能密切相关，垂体分泌的促性腺激素等异常时，会干扰卵巢的正常排卵和组织代谢，从而促使卵巢囊肿形成。例如垂体瘤患者，垂体功能出现异常，更易并发卵巢囊肿。
生活方式因素
不良饮食： 长期饮食结构不合理，高胆固醇、高油脂饮食，同时蔬菜水果摄入不足，会影响身体的新陈代谢和内分泌平衡，增加卵巢囊肿发生几率。有研究发现，饮食中缺乏足够维生素的女性，患卵巢囊肿的风险比饮食均衡者高约20%。长期精神压力： 现代社会女性面临工作、生活等多方面压力，长期精神处于紧张状态会影响下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的调节功能，导致卵巢组织异常，引发囊肿。长期熬夜的女性，身体生物钟紊乱，内分泌失调，也容易诱发卵巢囊肿。
环境因素
环境污染影响： 长期处于被污染的环境中，如接触工业污染物、杀虫剂等化学物质，这些环境中的有害物质可能通过各种途径进入人体，干扰内分泌和卵巢组织的正常功能，增加卵巢囊肿发生风险。比如生活在工业污染严重地区的女性，卵巢囊肿发生率相对较高。辐射影响： 长期接触辐射源，像长时间接触电脑辐射、接受不必要的医疗辐射检查等，也可能对卵巢组织造成损伤，引发囊肿。不过一般日常的低剂量辐射影响相对较小，但长期大剂量接触则需警惕。