医用棉纱口罩有一定防护作用，但效果有限。一般来说，医用棉纱口罩对直径较大的颗粒有一定阻挡作用，但对于粒径较小的飞沫、病毒等防护能力欠佳。
防护原理方面
过滤效率： 医用棉纱口罩的纤维间隙相对较大，其对0.3微米左右颗粒的过滤效率通常较低，一般不足50%。而专业的医用外科口罩对非油性颗粒的过滤效率能达到30%以上，医用防护口罩（N95）对非油性颗粒的过滤效率则能达到95%以上。密合性： 医用棉纱口罩与脸部的贴合度较差，容易有缝隙让空气漏入，从而降低防护效果。而医用外科口罩通过鼻夹、褶皱等设计能较好地贴合脸部，减少漏气情况。
适用场景方面
日常一般防护： 在一些污染程度较低、人员密度不高的普通环境中，医用棉纱口罩可以起到一定的阻挡较大颗粒、灰尘等的作用。比如在空气质量较好的公园散步时，佩戴医用棉纱口罩能阻挡一些较大的灰尘颗粒进入呼吸道。特殊防护场景： 在医院等医疗环境中，医用棉纱口罩就不太能满足防护需求了。因为医院内可能存在各种病菌、飞沫等，需要更高效防护的口罩来保障医护人员和患者的安全。在传染病高发季节，如流感流行期，医用棉纱口罩也无法像专业防护口罩那样有效阻挡病毒传播。
使用寿命及更换方面
使用寿命： 医用棉纱口罩的使用寿命较短，一般佩戴4小时左右就建议更换，而且如果被弄湿、弄脏后防护性能会大幅下降，也需要及时更换。而专业的医用防护口罩在符合使用条件下可以使用较长时间，但也有明确的更换标准。比如医用外科口罩一般建议4小时更换一次，污染或潮湿后需立即更换。