结膜炎的眼药水选择需根据病因来定。一般细菌性结膜炎可选用抗生素类眼药水，如左氧氟沙星滴眼液，它能抑制细菌生长繁殖，有效缓解细菌性结膜炎引起的眼红、眼痛等症状；而病毒性结膜炎可使用抗病毒类眼药水，像阿昔洛韦滴眼液，能对抗病毒，减轻病毒性结膜炎的不适。
细菌性结膜炎适用眼药水
抗生素类眼药水： 常见的有左氧氟沙星滴眼液，它通过抑制细菌DNA旋转酶和拓扑异构酶Ⅳ的活性，阻碍细菌DNA复制，从而发挥抗菌作用。使用时要注意，对喹诺酮类药物过敏者禁用。另外还有妥布霉素滴眼液，适用于敏感细菌感染引起的外眼及附属器的局部感染，儿童使用时需谨慎，要在医生指导下使用。
病毒性结膜炎适用眼药水
抗病毒类眼药水： 阿昔洛韦滴眼液是常用的，它能选择性抑制单纯疱疹病毒、水痘-带状疱疹病毒等疱疹病毒。在使用过程中，可能会出现局部刺激症状，如灼烧感、结膜充血等，一般停药后可缓解。更昔洛韦滴眼液也可用于病毒性结膜炎，它能竞争性抑制病毒DNA多聚酶，并掺入病毒及宿主细胞的DNA中，从而抑制病毒DNA合成。但孕妇及哺乳期妇女应慎用。
过敏性结膜炎适用眼药水
抗过敏类眼药水： 富马酸依美斯汀滴眼液可用于暂时缓解过敏性结膜炎的体征和症状，它能选择性地结合于组胺H1受体，从而抑制组胺引起的结膜血管扩张。使用时可能会出现头痛、苦味等不良反应。还有色甘酸钠滴眼液，它能稳定肥大细胞的细胞膜，阻止肥大细胞释放组胺、白三烯、5-羟色胺等致敏介质，从而预防过敏反应的发生。儿童使用时需在成人监护下进行。
干眼症相关结膜炎适用眼药水
人工泪液类眼药水： 玻璃酸钠滴眼液可作为人工泪液，缓解干眼症及伴随的结膜炎症状，它能与泪液结合，形成一种类似天然泪液的保护膜，保持眼表湿润。不同品牌的玻璃酸钠滴眼液价格有所差异，一般在十几元到几十元不等。聚乙烯醇滴眼液也是常用的人工泪液，它能补充泪液，减轻眼部干燥和因干眼症引发的结膜炎，使用时可能会出现短暂的视物模糊等情况，一般不影响继续用药。