男性进行HPV检查主要有以下几种方法：
1.醋酸白试验：用3%～5%醋酸液局部外涂或湿敷5～10分钟可在HPV感染区域发白，即所谓“醋酸白现象”。但特异性不高，有些慢性炎症，如念珠菌性外阴炎、生殖器部位外伤和非特异性炎症均可出现假阳性。
2.免疫组织学检查：常用过氧化物酶抗过氧化物酶方法（即PAP），显示湿疣内的病毒蛋白，以证明疣损害中有病毒抗原。HPV蛋白阳性时，尖锐湿疣的浅表上皮细胞内可出现淡红色的弱阳性反应。
3.核酸杂交试验：是检测HPV感染的重要的手段，包括斑点印迹法（dotblothybridization）、组织原位杂交法、核酸印记法（Southernblothybridization）。
4.聚合酶链反应（PCR）：是目前检出HPVDNA及分型的最敏感的方法，又可做特异度分析。已在临床上广泛应用。