做肠镜无痛的好。
普通肠镜是指患者在清醒状态下进行检查。其要检查整个结肠，因肠腔长且狭窄，肠镜需从肛门进入到回肠的回盲部，全程约1米甚至更长。在这狭窄管腔内操作通常需采用勾拉肠管的技术性检查手段，目的是让肠管缩短以让肠镜抵达结肠末端，从而能观察完整结肠。在此过程中，患者很可能产生疼痛。而且检查时要向肠腔内充气撑开肠管，这也会给患者带来不适感，若患者耐受性差则检查难以顺利完成。
无痛肠镜进行时会给患者进行基础麻醉，使其处于睡眠状态，这样医生检查时患者几乎感觉不到异物，医生操作更方便，也更易发现病变，从而实现肠镜检查目的。不过无痛肠镜价格比普通肠镜高，且做无痛肠镜时患者自身身体条件需能耐受基础麻醉。若患者身体条件较差，或心脏、呼吸功能不佳，可能就无法接受麻醉，这种情况下就只能选择普通肠镜检查。
总结：做肠镜无痛的相对更好，但无痛肠镜价格高且对患者身体条件有要求，普通肠镜则可能因患者疼痛和不适导致检查不顺利。