半夜头疼疼醒，其原因可能是睡前食用辛辣刺激性食物、大量饮酒等生理性因素，也可能与颈椎病、睡眠障碍等疾病相关。需及时就医明确病因后对症治疗。具体如下：
一、生理性因素：
1.睡前食用辛辣刺激性食物或睡前大量饮酒，可能引发半夜头疼甚至疼醒，通常无需过度担忧，症状一般可自行缓解，但日常生活中应避免此类行为。
二、病理性因素：
1.颈椎病：
(1)在睡觉时若枕头过高或过低等形成不良睡眠体位，使颈椎处于非正常姿势状态，大脑休息时不能及时调整，长时间保持该体位易造成椎旁肌肉、韧带及关节平衡失调，进而出现半夜头疼疼醒的情况。
2.睡眠障碍：
(1)主要指睡眠量不正常及睡眠中有异常行为，是睡眠和觉醒正常节律性交替紊乱的表现，常与躯体疾病有关，包含睡眠失调和异态睡眠等，长期睡眠障碍可导致半夜头疼疼醒。
3.丛集性头痛发作：多表现为一侧头部剧烈疼痛，还可能伴有流泪、鼻充血、眼结膜充血等症状。
4.蛛网膜下腔出血：可出现极为剧烈的头痛，严重时伴有恶心、呕吐等颅内压增高情况。
总之，如果排除生理性原因导致的半夜头疼疼醒，应尽快就医，让医生明确病因，并根据情况进行相应治疗。