女性衣原体感染主要是由沙眼衣原体引起的。性生活是女性衣原体感染的常见原因之一，有研究表明，在有多个性伴侣或者性生活较活跃的女性中，衣原体感染的发生率相对较高。
性行为传播
无保护性行为： 与感染衣原体的性伴侣发生无保护的性行为，如阴道性交、口交等，衣原体很容易通过黏膜传播给女性。因为衣原体主要寄生在人体的黏膜表面，性行为过程中黏膜直接接触，就为衣原体的传播创造了条件。性伴侣数量多： 女性性伴侣越多，感染衣原体的风险就越高。据统计，有超过1个性伴侣的女性，感染衣原体的几率比只有1个性伴侣的女性要高很多。
母婴传播
分娩时感染： 孕妇如果感染了衣原体，在分娩过程中，胎儿通过产道时就有可能被感染。新生儿可能会出现衣原体结膜炎或者衣原体肺炎等疾病。比如，有部分感染衣原体的孕妇所生的婴儿，出生后1 - 3周可能会出现眼睛发红、有分泌物等衣原体结膜炎的症状。
间接接触传播
公共卫生设施： 虽然这种情况相对较少，但如果女性接触了被衣原体污染的公共马桶、浴盆等卫生设施，也有可能感染。不过一般来说，这种间接传播的几率比较低，因为衣原体在外界环境中的存活能力有限，而且需要一定的条件才能感染人体。但在一些卫生条件较差的环境中，也不能完全排除这种可能性。共用私人物品： 比如与感染衣原体的女性共用毛巾、内裤等私人物品，也有感染的风险。因为这些物品上可能残留有衣原体，如果健康女性接触后，没有及时清洁，衣原体就可能通过黏膜侵入人体。