月经干净后腰疼通常是不正常的，可能由盆腔炎、附件炎、卵巢肿瘤、腰椎间盘突出、腰肌劳损、腰扭伤等多种疾病引起，具体如下：
一、盆腔炎、附件炎：
1.当患者患有盆腔炎、附件炎等妇科炎症疾病时，盆腔及其附件周围组织会受到病原体侵袭，进而导致局部出现充血、水肿等炎性渗出表现，于是在月经干净后就会出现腰疼症状。
2.治疗上常使用头孢克肟、环丙沙星、甲硝唑等抗生素类药物。
二、卵巢肿瘤：
1.若出现卵巢癌、卵巢囊肿、卵巢巧克力囊肿、卵巢畸胎瘤等卵巢肿瘤时，会对盆腔部组织产生一定压迫，月经过后可能就会有腰疼现象。
2.可根据具体情况选择保守治疗或手术治疗。
三、腰椎间盘突出：
1.患者出现腰椎间盘突出时，可能伴随腰椎骨质增生，对周围组织造成压迫，这样在月经过后就会腰疼。
2.可依据病情进行牵引、按摩、小针刀等治疗，也可进行药物治疗或手术治疗。
四、腰肌劳损、腰扭伤：
1.腰肌劳损、腰扭伤的患者可能会在月经后出现腰疼。
2.此时需要注意休息，或使用跌打损伤膏外用治疗。
总之，月经干净后腰疼可能是多种疾病的表现，需要结合具体症状、体征及相关检查来明确诊断，并采取相应的治疗措施。