治扁平疣较有效的药膏主要有维A酸类药膏、抗病毒类药膏等。一般来说，维A酸类药膏如0.1%维A酸乳膏可能需要连续使用数周甚至数月才能见到明显效果。
维A酸类药膏
0.1%维A酸乳膏： 通过调节表皮细胞的更新，促进角质层脱落，从而达到治疗扁平疣的作用。使用时要注意避免用于皮肤破损处，且孕妇禁用，使用过程中可能会出现局部轻度烧灼感、红斑及脱屑等不良反应。他扎罗汀凝胶： 属于第三代维A酸类药物，作用机制与维A酸类似，但起效相对较快。不过，用药后也可能出现局部刺激症状，如红斑、脱屑等，对本品过敏者禁用。
抗病毒类药膏
重组人干扰素α-2b凝胶： 它可以通过调节免疫功能来发挥抗病毒作用，抑制病毒的复制。一般需要坚持使用一段时间，通常每天涂抹1 - 2次。但部分人使用后可能会出现轻度瘙痒、灼痛等不适症状，对干扰素过敏者禁用。咪喹莫特乳膏： 能刺激机体产生干扰素等细胞因子，发挥抗病毒和调节免疫的作用。使用时要注意避免接触正常皮肤，用药部位可能会出现红斑、糜烂、脱屑等反应，孕妇及哺乳期妇女慎用。
其他外用药物
氟尿嘧啶软膏： 有一定的抗病毒和抑制细胞增生的作用，但因为可能会引起色素沉着等不良反应，面部使用需谨慎。一般外用时要注意保护周围正常皮肤，对氟尿嘧啶过敏者禁用。在使用这些药膏治疗扁平疣时，都需要在医生的指导下进行，并且要注意观察用药后的反应，如果出现严重的不适或皮疹加重等情况，应及时就医调整治疗方案。同时，扁平疣具有一定的传染性，要注意避免搔抓，防止自身接种传播。