治疗灰指甲的药物主要有外用药物和口服药物。一般来说，外用抗真菌药物疗程较长，可能需要数月，而口服药物相对见效快，但需注意可能存在的肝肾影响等。
外用抗真菌药物
阿莫罗芬搽剂： 每周使用1-2次即可。它能在甲板形成药膜，持续释放药物抑制真菌生长。不过，使用时要注意先清洁病甲，且对指甲严重受损的情况，可能效果相对有限。环吡酮胺软膏： 每天涂抹患处1-2次。它通过改变真菌细胞膜的完整性，影响真菌代谢来发挥作用，但对于较厚的病甲，渗透可能不够理想。
口服抗真菌药物
伊曲康唑胶囊： 采用冲击疗法，即吃一周停三周为一个疗程，一般需要2 - 3个疗程。它能抑制真菌细胞色素P450酶系统，干扰真菌麦角固醇的合成，从而发挥抗真菌作用，但用药前需检查肝功能，有肝病患者慎用。特比萘芬片： 每天服用一次，疗程一般为2 - 3个月。它主要是抑制真菌角鲨烯环氧化酶，阻碍真菌细胞膜的合成。不过，个别患者可能会出现胃肠道不适等不良反应。
辅助治疗相关药物
尿素软膏： 可以软化病甲，在使用抗真菌药物前，先用尿素软膏封包病甲，能帮助病甲软化脱落，方便后续抗真菌药物的渗透，但使用时要注意避免接触正常皮肤。水杨酸软膏： 也有软化角质的作用，能使病甲更容易被处理，配合抗真菌药物使用，有助于提高治疗效果，但同样要注意对正常皮肤的保护。