肝囊肿大多数没有明显表现，部分较大的肝囊肿可能有以下情况。一般小的肝囊肿通常无症状，而较大的肝囊肿可能出现腹部不适等表现。
无症状情况
很多肝囊肿体积较小，直径多在几厘米以内，这种情况下患者往往没有任何自觉症状，一般是在体检做B超等检查时偶然发现。因为囊肿对肝脏功能和周围组织影响很小，所以身体不会有异常感觉，不影响日常生活和工作。
较大肝囊肿的局部压迫表现
上腹部胀满感：当肝囊肿逐渐增大，直径超过5厘米甚至更大时，可能会对周围组织产生压迫，患者会感觉到上腹部有胀满不适的感觉。比如有的患者会觉得肚子里有东西顶着，闷闷的。腹痛：少数较大的肝囊肿可能会牵拉肝包膜，引起右上腹或上腹部隐痛。这种疼痛一般程度较轻，呈间歇性，可能在活动后或者改变体位时稍有明显，但不会剧烈疼痛。例如有的患者会感觉右上腹隐隐作痛，休息后可能有所缓解。
特殊类型肝囊肿的表现
寄生虫性肝囊肿：如果是包虫性肝囊肿这类寄生虫引起的肝囊肿，除了可能有上述局部压迫表现外，还可能有一些全身表现。比如包虫囊肿破裂时，可能会引起过敏反应，出现荨麻疹、呼吸困难等症状。不过寄生虫性肝囊肿现在比较少见。先天性肝囊肿合并其他畸形：少数先天性肝囊肿患者可能合并其他先天性畸形，像多囊肾等。如果合并多囊肾，可能会出现肾功能异常相关表现，比如尿量改变等，但这相对比较少见，大多还是以肝囊肿本身的表现为主。