肛瘘有脓包且很疼，通常是肛瘘感染发炎所致，一般可通过抗感染治疗、手术切除治疗、挂线疗法等进行处理，以缓解疼痛症状。应及时就医，明确具体情况后，依据医嘱选择适宜的方法进行治疗。
一、抗感染治疗：
1.口服药物：可遵医嘱服用阿莫西林胶囊、头孢拉定等消炎药。
2.外用处理：使用高锰酸钾溶液对肛门进行熏洗坐浴等，这些措施能起到暂时缓解症状的作用。需注意的是，抗感染治疗仅能缓解，若要根治则需进行手术切除治疗，以彻底消除感染来源。
二、手术切除：
1.切开脓包：在医生指导下先将脓包划开，使脓包内的脓液完全流出。
2.彻底切除内口：通过手术方式将肛瘘内口进行彻底切除，清除感染的肛腺，从而切断产生脓包的根源。同时要清理瘘管内的感染物，并切除瘘管周围的瘢痕组织，确保瘘管引流通畅，使新的肉芽组织能从伤口最底部向上逐步生长，直至创面填平，实现肛瘘的治愈。
三、挂线疗法：
这主要针对高位肛瘘，在手术中进行挂线，术后每隔一段时间拉紧挂线，同时做好伤口换药工作。由于肛瘘有脓包多由肛瘘内口感染发炎引起，所以需要首先通过检查明确肛瘘的内口数量和位置，以便在手术中能对脓包进行彻底清理。术后还需密切观察创面，并及时进行清理换药，可先用甲硝唑溶液冲洗脓腔，然后放置纱条进行引流，防止手术创面出现感染。同时，可采用静脉滴注青霉素等抗炎药物，避免发生感染而影响创面愈合。
总之，当肛瘘出现脓包且疼痛时，应及时采取合适的治疗方法进行处理，以促进康复。