脑CT的危害主要在于放射线辐射。做一次脑CT的辐射量对人体危害较为微弱，通常除了会对胎儿造成影响外，基本不会产生其他负面效应。若已怀孕或者怀疑自己怀孕，就一定要提前告知医生。
CT全称为计算机体层成像，属于影像学检查方法之一。它是通过向人体发射射线，并收集射线穿过人体后形成的影像。这是因为人体的各个组织对于射线的反射率和透过率是不同的，所以形成的影像亮度也各异，会呈现出黑白色且深浅不一的状况。其中，组织密度越低，射线透过率就越高，故而空气较多的组织往往接近黑色，而像骨骼等组织则会呈现白色。一次检查能够对同一组织的多个层次进行扫描，从而显示出每个层次的具体情况。CT主要是会产生放射性从而对身体造成辐射，有可能引起基因突变，尤其对胚胎和胎儿的发育影响较大，不过单次CT的辐射对于成人来说并没有明显的影响。如果在短时间内反复多次进行CT检查，身体所接受的放射量有可能导致身体的细胞功能发生改变。所以在需要进行脑CT检查前，要是已怀孕或者怀疑自己怀孕，就必须告知医生，以便选择其他对胚胎或胎儿无害的检查方法。但如果病情较为复杂，需要进行多次CT检查，那么此时身体接受的辐射量可能会低于疾病本身对人体造成的伤害，因此可依据医生的建议进行检查。
总之，脑CT有辐射危害，对胎儿影响较大，成人一般影响较小，特殊情况要根据具体病情和医生建议来决定是否进行及如何进行检查。