小便的时候刺痛通常是由泌尿系统相关问题引起的。比如尿路感染比较常见，女性发病率相对较高，大约有10% - 15%的女性在一生中会至少发生一次尿路感染，从而出现小便刺痛的情况。
尿路感染导致的小便刺痛
细菌感染引起： 大肠杆菌是最常见的引起尿路感染导致小便刺痛的病原菌，它容易从尿道外口逆行进入泌尿系统，引发炎症反应，导致尿道黏膜充血、水肿，排尿时就会出现刺痛感。支原体、衣原体感染： 这类病原体感染也会造成尿道炎症，引起小便刺痛，通常有不洁性生活史的人群更容易感染。
泌尿系统结石引发的小便刺痛
肾结石或输尿管结石： 结石在泌尿系统内移动时，会损伤尿路黏膜，从而引起小便刺痛，还可能伴有血尿等症状。比如直径小于6毫米的肾结石，有一定的自行排出概率，但在排出过程中就可能导致小便刺痛。膀胱结石： 膀胱结石会刺激膀胱黏膜，导致排尿时出现刺痛，尤其在排尿终末时疼痛可能会加重。
其他原因导致的小便刺痛
尿道损伤： 比如器械检查、性生活损伤等导致尿道黏膜损伤，在排尿时尿液刺激损伤部位就会引起刺痛。过敏反应： 对某些物质过敏，如使用某些避孕套、润滑剂等，可能引起尿道过敏反应，出现小便刺痛。化学刺激： 长期留置导尿管，或者使用某些刺激性较强的药物经尿道灌注等，都可能导致尿道受到化学刺激，引发小便刺痛。