初生婴儿拉肚子的原因较多，其中常见的是生理性原因，比如婴儿的消化系统发育尚未成熟，胃肠功能比较脆弱，约有20%的新生儿会出现生理性腹泻，多见于6个月以内的婴儿，外观虚胖，常伴有湿疹。
喂养因素导致的拉肚子
母乳喂养不当： 如果妈妈饮食不注意，吃了过多油腻、辛辣或生冷的食物，通过母乳传递给婴儿，就可能引起婴儿拉肚子。比如妈妈吃了大量冰淇淋，婴儿可能就会出现腹泻症状。人工喂养问题： 配方奶冲调不当，浓度过高或过低，都会导致婴儿肠胃不适应而拉肚子；还有奶瓶、奶嘴消毒不彻底，也容易引发肠道感染，造成婴儿拉肚子。
感染因素引发的拉肚子
病毒感染： 最常见的是轮状病毒感染，多发生在秋冬季节，会引起婴儿腹泻，常伴有发热、呕吐等症状，病程一般在1周左右。细菌感染： 如大肠杆菌、沙门氏菌等感染肠道，也会导致婴儿拉肚子，大便可能会有黏液、脓血等，婴儿还可能出现精神萎靡、发热等情况。
其他因素造成的拉肚子
腹部着凉： 婴儿的腹部容易受凉，比如晚上睡觉没盖好肚子，腹部受到寒冷刺激，肠道蠕动加快，就会引起拉肚子。过敏因素： 有些婴儿可能对牛奶蛋白过敏，食用配方奶后会出现拉肚子的情况，同时可能伴有皮疹、呕吐等症状。