甲状腺结节通常不能通过吃药达到根治效果，但可以根据情况使用一些药物辅助治疗。如果是甲状腺功能亢进伴发的结节，可能会用到抗甲状腺药物，如甲巯咪唑，不过一般来说，对于大多数甲状腺结节，目前并没有特定的特效药物能使其消失，而是要根据结节性质等情况进行不同处理。
单纯性甲状腺肿相关结节用药
缺碘引起的单纯性甲状腺肿结节：如果是因缺碘导致的单纯性甲状腺肿结节，可补充碘剂，比如在一些地区，通过在食盐中加碘等措施，能有效预防和改善因缺碘引起的甲状腺肿情况。但要注意碘补充需适度，过量补碘也可能引发其他问题。
甲状腺炎相关结节用药
亚急性甲状腺炎伴结节：亚急性甲状腺炎引起的结节，疼痛明显时可使用非甾体类抗炎药，像阿司匹林，能缓解疼痛和炎症反应。如果病情较重，可能会用到糖皮质激素，如泼尼松，但需在医生严格评估下使用，因为糖皮质激素有一定副作用。慢性淋巴细胞性甲状腺炎伴结节：对于慢性淋巴细胞性甲状腺炎伴结节，如果甲状腺功能正常，一般不需要特殊用药，定期复查即可；若合并甲状腺功能减退，可能需要补充左甲状腺素钠片来维持甲状腺功能正常，但这主要是针对甲状腺功能异常，不是直接针对结节。
甲状腺结节性质不确定时的观察用药
良性结节观察阶段：当甲状腺结节性质倾向良性，暂时不需要手术处理时，一般也没有特定的药物能让结节消除，但要定期复查甲状腺超声等，观察结节变化情况。比如建议每3 - 6个月复查一次甲状腺超声，动态监测结节大小、形态等变化。恶性结节术前准备用药：如果考虑甲状腺结节可能为恶性，在手术前有时可能会使用一些药物进行辅助准备等，但这也不是针对结节的特效治疗药物，主要是为手术等做准备工作。