腘窝囊肿的治疗需依据病情选择不同手术方式。
一、
1.若腘窝囊肿不与膝关节腔相通且仅发生于肌腱上，应采取后路手术完整切除囊肿，并在与肌腱连接处进行电烧以促进局部粘连，防止复发，术后进行局部加压包扎，伸直位固定1至2周。
2.要是腘窝囊肿与膝关节腔相通，则需同时明确膝关节内疾病并进行膝关节镜手术治疗膝关节内疾病（如膝关节滑膜炎），同时完整切除腘窝囊肿并结扎其入口处，或通过内引流方式打开囊肿入口。若膝关节内疾病无法根治，术中需扩大腘窝囊肿与膝关节相通处，这也能预防复发。通过这两种术式可切除囊肿，术后应积极锻炼下肢肌肉力量和强度，增强膝关节稳定性，以防再次形成腘窝囊肿。
二、
1.腘窝囊肿是腘窝内滑液囊肿的统称，分先天和后天两类，前者多见于儿童，后者可由滑囊自身疾病（如慢性损伤等）引发，部分患者并发于慢性膝关节病变。
2.最常见的腘窝囊肿为膨胀的腓肠肌、半膜肌肌腱滑囊，常与后关节囊相通，临床多见于中年以上人群，男性多于女性，会导致机械性伸膝和屈膝受限，疼痛较轻但紧张膨胀感明显。患者通常主诉腘窝区逐渐肿胀并伴膝后疼痛，偶尔囊肿会压迫阻碍静脉回流，引起小腿水肿。
总之，手术治疗是腘窝囊肿的最佳方式，包括开刀和关节镜微创治疗。