甲状腺手术方式主要有传统开放手术、腔镜甲状腺手术等。传统开放手术应用较为广泛，一般手术切口长度在6 - 10厘米左右。
传统开放手术
常规甲状腺全切术： 适用于甲状腺癌等较严重的甲状腺疾病，需要将甲状腺双侧叶及峡部全部切除，手术视野相对开阔，但颈部会留下较明显的瘢痕。甲状腺次全切术： 常用于治疗单纯性甲状腺肿等，切除甲状腺的大部分组织，保留部分甲状腺组织，手术操作相对常规全切术简单一些，但也会在颈部留下一定长度的切口。
腔镜甲状腺手术
经胸乳入路腔镜甲状腺手术： 通过在胸部乳晕周围或乳房下做切口，利用腔镜设备进行甲状腺手术操作，颈部无明显瘢痕，美容效果较好，但手术操作相对复杂，对医生的腔镜操作技术要求较高，手术时间可能会比传统开放手术稍长。经口腔前庭入路腔镜甲状腺手术： 从口腔前庭做切口，经口腔进入颈部进行手术，颈部完全无瘢痕，美容效果极佳，但手术操作空间相对狭小，对手术器械和医生操作技巧要求更高，适用于甲状腺体积不是特别大的患者。
微波消融术
适用于特定甲状腺良性结节： 主要针对一些体积较小（直径一般小于4厘米）的良性甲状腺结节，通过微波消融针产生的热量使结节组织坏死、萎缩，从而达到治疗目的。该方法创伤小，术后恢复快，但有一定的适应症限制，不是所有甲状腺疾病都能适用，且存在结节复发的可能。