毛囊炎超过两个月未愈，可从一般治疗、药物治疗、物理治疗等方面综合处理。一般来说，要保持皮肤清洁，避免搔抓刺激。
一般治疗注意事项
皮肤清洁方面： 要经常用温水和温和的洁面产品清洗患处皮肤，但要注意水温不宜过高，一般30~40℃较为适宜，避免过度清洁破坏皮肤屏障。生活习惯方面： 要保证充足睡眠，每天尽量保证7~8小时的睡眠时间，让身体得到充分休息，利于皮肤恢复；同时要注意饮食均衡，多吃新鲜蔬菜和水果，如苹果、菠菜等，避免食用辛辣、油腻、甜食等刺激性食物，这类食物可能会加重毛囊炎症。
药物治疗选择
外用药物： 可以使用莫匹罗星软膏，它对革兰阳性球菌有很强的抗菌活性，能抑制细菌蛋白质的合成，从而起到杀菌消炎的作用。如果是真菌感染引起的慢性毛囊炎，可外用酮康唑乳膏，它能抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成，影响真菌的代谢过程。口服药物： 若毛囊炎比较严重，外用药物效果不佳时，可口服抗生素，如头孢呋辛酯，它是第二代头孢菌素类抗生素，通过抑制细菌细胞壁的合成发挥杀菌作用；如果是真菌性毛囊炎，可口服伊曲康唑胶囊，它能高度选择性地抑制真菌细胞色素P450的活性，从而抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成，发挥抗真菌作用，但要注意伊曲康唑对肝脏有一定影响，用药期间需定期监测肝功能。
物理治疗方法
红外线照射： 利用红外线的热效应，促进局部血液循环，改善毛囊的营养供应，增强组织的修复能力，一般每次照射15~20分钟，每天1~2次。紫外线照射： 通过紫外线的杀菌作用和对组织的刺激作用，抑制细菌生长繁殖，促进炎症消退，照射剂量要根据病情和皮肤反应进行调整，一般初始剂量不宜过大。