直肠炎的药物治疗需根据病因等情况选择，常用药物有氨基水杨酸制剂、糖皮质激素等。一般来说，氨基水杨酸制剂中的美沙拉嗪，对于轻中度直肠炎有较好疗效。
氨基水杨酸制剂类药物
美沙拉嗪： 可以抑制炎症介质的产生，减轻直肠的炎症反应。它有多种剂型，如栓剂，对于直肠炎局部给药效果较好，能直接作用于直肠病变部位。柳氮磺吡啶： 也是常用的氨基水杨酸制剂，通过在肠道内分解为磺胺吡啶和5 - 氨基水杨酸发挥作用，对轻中度直肠炎有一定治疗效果，但部分患者可能会出现过敏等不良反应。
糖皮质激素药物
氢化可的松栓剂： 对于氨基水杨酸制剂疗效不佳的中度直肠炎患者，可使用糖皮质激素栓剂局部治疗。它能快速减轻炎症反应，但长期使用可能会有一些副作用，如局部刺激等，所以要在医生指导下使用。布地奈德灌肠剂： 布地奈德是一种局部作用的糖皮质激素，通过灌肠的方式作用于直肠部位，能有效缓解直肠炎的症状，且全身副作用相对较小，但也需要遵循医生的用药安排。
益生菌类药物
双歧杆菌四联活菌片： 直肠炎患者肠道菌群可能失调，双歧杆菌四联活菌片可以补充肠道有益菌，调节肠道菌群平衡，辅助改善直肠炎引起的肠道功能紊乱等情况。枯草杆菌二联活菌颗粒： 同样是调节肠道菌群的药物，能促进肠道有益菌生长，抑制有害菌繁殖，对于直肠炎患者维持肠道微生态平衡有帮助，可在医生建议下辅助使用。