男性尿道疼痛且小便时刺痛存在诸多原因，包括尿路感染、前列腺炎症、尿道结石等。具体如下：
一、尿路感染：
1.当发生尿路感染时，可能引发尿路刺痛。若只是轻度刺痛，可通过多喝水以加快新陈代谢，并保持良好作息，很多时候可自行痊愈。
2.然而，若情况越发严重，出现尿频、尿急、尿痛、尿道烧灼感等症状时，则应即刻就医，通常会使用喹诺酮类、三代头孢类或大环内脂类等抗生素来进行治疗。
二、前列腺炎症：
1.前列腺炎症主要呈现出尿急、尿不尽以及尿道刺痛等表现，此外尿道还会有少量分泌物。
2.患者需进行检查，在明确诊断后实施抗感染治疗。
三、尿道结石：
1.小便时尿道疼痛，且疼痛向尿道外口放射，还可能伴有尿道口滴血，这种情况可能是由尿道结石引起。
2.患者应进行尿道造影或尿道镜检查以明确诊断，然后依据具体状况进行相应治疗。要是在小便时出现一过性刺痛，那也许是尿路结石正在排出所导致，此时患者只需多喝水加快新陈代谢，待结石完全排出后，刺痛便会消失。
总之，男性尿道疼痛小便刺痛的原因多样，应根据具体症状和检查结果采取相应的治疗措施。同时，在日常生活中要注意个人卫生和健康生活方式，以预防此类疾病的发生。