真菌感染的症状因感染部位不同而有所差异。一般来说，皮肤真菌感染较为常见，比如体癣，会出现局部皮肤红斑、丘疹，伴有瘙痒，红斑边缘可能清晰，有脱屑现象；而指甲真菌感染，也就是甲癣，会使指甲变色、增厚、变形，指甲表面变得不平整。
皮肤真菌感染症状
皮肤表面感染： 像手足癣，手部真菌感染时，手指间可能会出现水疱、糜烂、脱屑，伴有明显瘙痒；足部真菌感染多表现为脚底、脚趾间皮肤起水疱、脱皮，严重时会出现浸渍发白的情况，行走时可能会有疼痛。头皮真菌感染： 头癣会导致头皮出现红斑、丘疹，上面有灰白色鳞屑，头发容易折断，伴有不同程度的瘙痒，严重的头癣可能会影响头发生长。
深部真菌感染症状
肺部真菌感染： 轻症可能没有明显症状，或者仅有咳嗽、咳痰等类似感冒的表现；病情较重时会出现发热、咳嗽加剧、咳痰带血、胸痛等症状，还可能伴有呼吸困难。消化道真菌感染： 会出现食欲不振、恶心、呕吐、腹痛、腹泻等症状，腹泻可能为稀水样便，严重的消化道真菌感染可能会导致营养不良等问题。
黏膜真菌感染症状
口腔真菌感染： 也就是鹅口疮，多见于婴幼儿，口腔黏膜上会出现白色斑膜，不易擦去，强行擦去后会有出血创面，患儿可能会出现拒食、哭闹等表现；成年人口腔真菌感染也会有口腔黏膜充血、糜烂、白色假膜等症状。阴道真菌感染： 会出现阴道瘙痒、白带增多，白带呈豆腐渣样或凝乳状，外阴可能会有红肿、灼热感等症状。