胃镜息肉手术的痛苦程度取决于多种因素。首先，息肉的数量和大小会影响手术感受，若息肉较多或较大，操作难度大，所需时间可能较长。比如息肉数量较多时，处理时间就会偏长；而大的息肉处理起来，医生要进行缝合伤口、处理创面等操作，或是切除本身有一定难度，都会花费一些时间。其次，手术方式也很关键，做麻醉的胃镜处理就不会有感觉，但普通处理若时间长则不适感会加重，因为医生要不断打气充盈胃腔以看清操作视野，操作时间长就会导致呕吐、反应大、难受等情况。所以，如果息肉比较大且多，还是建议在麻醉下进行，而小且少的息肉简单处理通常不会太痛苦。
总之，胃镜息肉手术的痛苦情况受息肉状况和手术方式等因素综合影响。