更年期综合征的药物治疗需根据个体情况选择，一般来说，激素替代治疗是缓解更年期综合征症状较有效的方法之一，但具体效果因个人差异而异。例如，对于中重度血管舒缩症状及泌尿生殖道萎缩症状的女性，激素替代治疗能显著改善症状。
激素补充治疗药物
雌激素制剂： 有口服、经皮、阴道局部用药等剂型。口服雌激素常见的有结合雌激素等，经皮制剂如雌二醇凝胶等，阴道局部用药有雌三醇乳膏等。雌激素可以缓解潮热、盗汗等血管舒缩症状，还能改善阴道干燥等泌尿生殖道症状。孕激素制剂： 与雌激素联合使用，可保护子宫内膜。常用的有地屈孕酮、微粒化黄体酮等。如果是单纯子宫已切除的女性，可单用雌激素；有子宫的女性则需要联合使用孕激素来预防子宫内膜增生。
非激素药物
选择性5-羟色胺再摄取抑制剂： 如盐酸帕罗西汀，可用于缓解更年期的潮热、盗汗以及精神神经症状，像抑郁、焦虑等。一般需要连续服用数周才能看到较好效果，且可能会有一些副作用，如恶心、嗜睡等，用药期间需密切观察。钙剂和维生素D： 更年期女性骨丢失加快，容易发生骨质疏松。钙剂可选择碳酸钙等，维生素D能促进钙的吸收，一般建议每天摄入钙1000 - 1200毫克，维生素D 800 - 1200国际单位。通过补充钙剂和维生素D有助于预防骨质疏松的发生。
中药调理药物
中成药： 比如坤泰胶囊，由熟地黄、黄连、白芍等多种中药组成，具有滋阴清热、安神除烦的功效，可用于改善更年期阴虚火旺引起的潮热面红、自汗盗汗、心烦不宁等症状。还有更年安片，能滋阴清热、除烦安神，对更年期出现的眩晕耳鸣、烦躁失眠等有一定的缓解作用。但中药调理起效相对较慢，一般需要连续服用一段时间才能发挥较好的效果，且不同个体对中药的反应可能存在差异。