正常情况下，女性双侧卵巢每月会交替排卵，所以即便患有单侧卵巢巧克力囊肿，依然存在怀孕的可能性。然而，卵巢巧克力囊肿会致使怀孕几率下降，不过当对侧卵巢及输卵管功能正常时，怀孕几率可达百分之五十。
一、巧克力囊肿又称卵巢子宫内膜异位症，这是因为子宫内膜异位到卵巢而引起的。其最常见的症状就是周期性腹痛，而卵巢巧克力囊肿破裂会让囊肿内容物进入盆腔，长时间的炎症刺激会影响同侧卵巢及输卵管的正常生理功能，进而引发不孕。
1.在患病初期，由于囊肿较小，通常不会将卵巢及输卵管完全堵塞，此时卵巢依旧具备正常的排卵功能，输卵管也有输送卵子的功能，所以仍然能够正常怀孕。
2.但当卵巢巧克力囊肿进一步增大，导致卵巢无法正常排卵，单侧卵巢及输卵管丧失正常生理功能，若对侧输卵管及卵巢功能正常，还是可以自然怀孕，怀孕几率为百分之五十。
二、对于患有单侧卵巢巧克力囊肿的情况，一般建议先将疾病治愈后再考虑怀孕，这是因为孕期激素水平的改变可能对囊肿产生刺激，诱发病情加重，从而加重孕期的心身负担。通常针对单侧卵巢巧克力囊肿，可以进行保留生育的手术治疗，即切除病灶而保留正常的生理结构，等到身体完全康复后再进入备孕状态。
总之，患有单侧卵巢巧克力囊肿有怀孕可能，但需综合多方面因素考虑，且建议先治疗疾病再备孕，以减少孕期风险和负担。