怀孕40天腰疼可能是正常现象，也可能是病理性因素导致。需及时就医检查，对症治疗。
一、生理性因素：
1.女性怀孕时子宫增大，会导致盆腔充血，从而出现腰骶部酸胀感，此时腰疼属正常现象。
2.子宫增大后还可能对周围组织产生压迫，如腰椎、腰肌等，进而导致腰疼症状出现。
二、病理性因素：
1.宫外孕：怀孕40天处于早孕时期，若多数孕妇未进行B超检查，当腰疼严重时可能是宫外孕所致，此时腹腔内会有出血，引起剧烈腹痛和腰疼。
2.腰部疾病：怀孕时若腰椎受到严重压迫，可能引发腰疼。对此应进行观察，若通过休息能缓解，情况会好转，若不能好转，则常考虑可能存在腰椎间盘突出症。早孕期治疗方式较有限，通常给予制动或体位指导来逐渐缓解疼痛症状。
3.泌尿系统疾病：孕妇腰疼剧烈可能与泌尿系统疾病有关，如泌尿系统感染或泌尿系统结石等，因为感染和结石可能造成脓腔、黏膜充血和水肿，此时腰疼常伴有发热。
女性怀孕早期应注意多休息，减少劳累。此外，孕早期可能出现疲劳、嗜睡、食欲不振、恶心、呕吐等不适，需保持良好心情，注意营养均衡，避免挑食、偏食。
总结：怀孕40天腰疼要区分是生理性还是病理性，生理性多因子宫增大及压迫所致，病理性可能与宫外孕、腰部疾病、泌尿系统疾病等有关，要及时就医明确，孕早期还要注意休息和保持良好状态。