怀孕40天不能同房。怀孕前3个月和后3个月，应尽量避免同房，因为此时同房可能会对孕妇和胎儿造成不良影响，具体如下：
1.容易流产：怀孕40天时，孕囊刚在子宫内着床，还不稳定。如果此时同房，可能会刺激子宫收缩，导致孕囊脱落，从而引起流产。
2.容易感染：怀孕后，孕妇的免疫力会下降，此时同房容易将细菌和病毒带入阴道，引起上行感染，从而影响胎儿的发育。
3.容易早产：怀孕3个月后，胎儿逐渐长大，孕妇的腹部也会逐渐隆起。如果此时同房，可能会刺激子宫收缩，导致胎膜早破，从而引起早产。
需要注意的是，每个孕妇的身体状况都不同，如果有习惯性流产、前置胎盘、胎膜早破等情况，应避免在孕期同房。此外，孕期同房时应注意动作轻柔，避免压迫孕妇的腹部。如果在同房后出现腹痛、阴道流血等症状，应及时就医。