胎记形成的原因目前主要与胚胎发育过程中的异常有关。比如，先天性色素痣，它的形成可能与胚胎发育时黑素细胞在迁移过程中出现异常聚集有关，据研究，新生儿中先天性色素痣的发生率约为0.1% - 0.2%。
血管型胎记的形成原因
鲜红斑痣：这是一种常见的血管型胎记，是由于胚胎发育早期，特定部位的血管发育异常所致。在胚胎的血管生成阶段，控制血管形成的基因发生突变等情况，导致局部毛细血管发育畸形，使得皮肤表面出现淡红色或暗红色的斑片。草莓状血管瘤：通常在婴儿出生后1 - 2周内出现，其形成与血管内皮细胞的异常增殖有关。可能是在胚胎时期，血管内皮细胞的分化调控出现问题，使得局部血管内皮细胞过度增殖，从而形成隆起于皮肤表面的草莓状肿物。
色素型胎记的形成原因
太田痣：一般认为是胚胎发育时，黑素细胞从神经嵴向表皮移行的过程中，停留在了真皮层导致的。具体来说，在胚胎发育的第11周左右，黑素细胞应该从神经嵴向表皮迁移，如果这个过程出现障碍，部分黑素细胞就滞留在了真皮层，随着婴儿出生后逐渐显现为面部等部位的蓝灰色、灰褐色色素沉着斑。蒙古斑：多见于东方人种的新生儿，它的形成是因为胚胎期黑素细胞向表皮移行时，未能穿过真皮与表皮的交界处，停留在真皮深部而形成。这种胎记多为青色、蓝色的斑片，通常在学龄前会逐渐自行消退。
其他类型胎记的相关因素
皮脂腺痣：是一种皮肤附件发育异常导致的胎记。它是由皮脂腺等皮肤附属器构成的错构瘤，其发生可能与胚胎发育过程中皮肤组织的分化异常有关。皮脂腺痣一般在出生时或出生后不久出现，表现为黄色、橙色的斑块，随着年龄增长会逐渐增厚、隆起。咖啡斑：病因尚不十分明确，可能与遗传因素有关，部分咖啡斑患儿有家族遗传倾向。它是由表皮中的黑素细胞数量增加所致，表现为边界清楚的圆形、卵圆形淡褐色斑片，大小不一，从几毫米到数十厘米不等。