肠息肉的最佳治疗方法主要是内镜下切除。一般来说，大部分肠息肉可在内镜下通过电切、套扎等方式去除，通常在发现肠息肉后就可安排内镜下切除，多数患者一次手术就能解决问题。
内镜下切除方式
内镜下黏膜切除术（EMR）：适用于较小的无蒂息肉，是将息肉所在黏膜下层注射生理盐水等使病变隆起，然后用圈套器等将息肉切除，操作相对简单，能完整切除较小息肉。内镜黏膜下剥离术（ESD）：可用于较大、较复杂的息肉，能将较大的病变黏膜完整剥离切除，对于直径大于2厘米的平坦息肉等有很好的治疗效果，能更彻底地去除病变组织。
手术治疗情况
需外科手术的情况：如果息肉很大、基底宽，或者怀疑有癌变且已经浸润到深层组织，可能需要外科手术切除部分肠道。但这种情况相对较少，大部分肠息肉通过内镜下切除即可。
术后恢复与随访
术后恢复：内镜下切除息肉后，患者需要禁食一段时间，然后逐渐恢复饮食。一般来说，小的息肉切除后1 - 2天可进食半流质食物，1周左右可恢复正常饮食。术后要注意休息，避免剧烈运动。术后随访：切除息肉后需要定期进行肠镜复查，一般短时间内（如3 - 6个月）要复查肠镜，观察肠道情况，因为肠息肉有复发可能。如果是多发性肠息肉或者有家族性息肉病倾向的患者，可能需要更频繁的随访。
非手术的观察情况
小息肉且无症状时：对于一些非常小的、没有明显症状的息肉，如果医生评估后认为暂时不需要立即切除，可以定期进行肠镜随访观察。比如直径小于0.5厘米的息肉，且没有腹痛、便血等症状，可每隔1 - 2年复查肠镜，观察息肉变化情况。但如果在观察过程中息肉有增大、出现症状等情况，还是需要及时处理。