导尿管拔出三天后小便疼，可能与以下因素有关。
1.尿道损伤：导尿管插入时可能会对尿道黏膜造成损伤，虽然拔除后损伤已经愈合，但在排尿时仍可能出现疼痛。
2.尿路感染：导尿管留置期间，细菌容易在尿道内滋生，导致尿路感染。拔除导尿管后，细菌可能会引起炎症反应，导致小便疼痛。
3.膀胱炎：膀胱与尿道相连，尿路感染可能逆行向上，引起膀胱炎，从而出现小便疼痛的症状。
4.其他：尿道口狭窄、尿道结石等也可能导致小便疼痛。
针对这种情况，可以采取以下措施。
1.增加饮水量：多喝水可以增加尿量，冲刷尿道，有助于减轻炎症和缓解疼痛。
2.注意个人卫生：保持尿道口清洁，每天清洗外阴。
3.避免憋尿：有尿意时及时排尿，不要憋尿。
4.药物治疗：如果疼痛症状明显，可以在医生的指导下使用一些药物，如解热镇痛药（对乙酰氨基酚）、抗生素（如左氧氟沙星）等。如果是尿路感染引起的，抗生素治疗通常是有效的。
需要注意的是，如果小便疼痛持续不缓解或伴有其他症状，如尿急、尿频、血尿等，应及时就医，进行详细的检查和治疗。此外，如果本身有尿路疾病，如尿道炎、膀胱炎等，在拔除导尿管后也容易复发，需要在医生的指导下进行治疗和预防。