扁桃体癌的发生是多种因素共同作用的结果。目前认为，大约75%的扁桃体癌与人类乳头瘤病毒（HPV）感染有关，尤其是HPV-16型病毒。此外，长期大量吸烟也是重要诱因，有研究显示，长期吸烟者患扁桃体癌的风险比不吸烟者高3~4倍。
一、病毒感染因素
HPV感染： 高危型人乳头瘤病毒持续感染是扁桃体癌的重要致病因素。其中HPV-16型感染最为常见。病毒的基因整合到宿主细胞基因组中，会干扰细胞的正常生长调控机制，导致细胞异常增殖，逐渐发展为癌变。比如在一些扁桃体癌患者的组织样本中，能检测到HPV-DNA的存在。EB病毒感染： EB病毒与扁桃体癌也有一定关联。EB病毒可引起淋巴细胞的增殖，长期的EB病毒感染可能导致扁桃体组织细胞的基因突变和染色体异常，增加癌变的可能性。
二、吸烟饮酒因素
吸烟的影响： 香烟中含有多种致癌物质，如多环芳烃、亚硝胺等。长期吸烟会使这些致癌物质不断刺激扁桃体黏膜，损伤黏膜上皮细胞，破坏其正常的修复机制，进而引发细胞的癌变。每天吸烟20支以上，连续吸烟超过20年的人群，患扁桃体癌的几率明显高于不吸烟者。饮酒的作用： 酒精本身虽不是直接的致癌物质，但它是一种有机溶剂，能促进致癌物质的吸收，还可损伤扁桃体黏膜，降低局部的免疫力。长期大量饮酒（每天饮酒量相当于50度白酒100毫升以上，持续10年以上）会增加扁桃体癌的发病风险，酒精与吸烟有协同致癌作用，两者共同作用时患癌风险会进一步升高。
三、环境因素
空气污染： 长时间暴露在污染的空气中，如工业废气、汽车尾气等，其中含有的苯并芘、二氧化氮等有害物质会对扁桃体黏膜造成损害。长期生活在工业污染严重地区的人群，扁桃体癌的发生率相对较高。例如，在一些重工业城市，由于空气中污染物浓度较高，当地居民患扁桃体癌的比例比空气质量较好地区的居民要高。职业暴露： 某些职业人群长期接触致癌物质，也易患扁桃体癌。比如长期接触石棉、芥子气等职业的人群，他们在工作环境中不断接触这些致癌物质，会增加扁桃体发生癌变的几率。