新生儿癫痫的原因较多，其中约60% - 70%与脑部发育异常有关，比如在胚胎发育过程中受到感染、接触有害物质等，导致大脑结构出现问题，进而引发癫痫。
一、围生期因素
早产与低出生体重： 早产儿和低出生体重儿发生新生儿癫痫的风险相对较高。一般来说，胎龄小于32周的早产儿，患癫痫的概率比足月儿明显增加。这是因为早产儿的脑部发育尚未成熟，神经细胞的稳定性较差。缺氧缺血： 胎儿在宫内发生缺氧，或者出生时出现窒息等情况，会影响脑部的血液供应和氧气供应，导致脑损伤，从而引发新生儿癫痫。比如分娩过程中出现产程过长、胎盘早剥等情况，都可能造成胎儿缺氧缺血。
二、遗传因素
染色体异常： 某些染色体的数目或结构异常可导致新生儿癫痫。例如21 - 三体综合征（唐氏综合征）患儿，约有5% - 10%会出现癫痫发作。这是由于染色体上的基因发生了改变，影响了脑部的正常功能。单基因遗传代谢病： 一些单基因遗传代谢病也会引发新生儿癫痫。比如苯丙酮尿症，患儿体内缺乏苯丙氨酸羟化酶，导致苯丙氨酸代谢异常，进而影响神经系统的发育，容易出现癫痫发作。
三、感染因素
宫内感染： 母亲在孕期感染风疹病毒、巨细胞病毒等，这些病毒可通过胎盘感染胎儿，影响胎儿脑部的发育，增加新生儿癫痫的发生风险。据统计，孕期感染风疹病毒的胎儿，出生后患癫痫的概率比正常胎儿高。出生后感染： 新生儿出生后如果患上脑膜炎、脑炎等感染性疾病，炎症会刺激大脑神经元，导致异常放电，引发癫痫。例如细菌性脑膜炎，如果治疗不及时，就可能遗留癫痫等后遗症。