最关键且最彻底的根治方法以从根源治疗三叉神经痛来说，还是显微血管减压术，即开颅手术。因为问题出在颅内，所以需在颅内解决，要将压迫神经的血管相互分开，从而实施减压术。
一、射频的情况：
1.优点：不需要开颅。
2.缺点：一是属于毁损手术，会破坏三叉神经，导致脸部遗留麻木感，且有些病人对麻木感很敏感，甚至觉得麻木比疼痛还难受；二是第一支无法进行，因为三叉神经有三支，第一支是支配眼睛周围的，若眼支有三叉神经痛而做射频，很容易导致眼睛失明。
二、球囊压迫术：这是新的可替代射频的方法，是通过将针经脸部皮肤穿刺到颅内，不是用射频，而是利用球囊，像气球一样使球囊膨胀，通过球囊的机械压迫来作用于三叉神经，其较为安全，疗效也更确切。不过确实会有一点麻木感，但一般病人过段时间会适应。
专家提示：射频治疗三叉神经痛属于毁损手术，通过破坏三叉神经来达成治疗目的，存在一定风险，操作不当极易导致眼睛失明。当下有新的方法即球囊压迫术可替代射频，依靠机械压力来压迫三叉神经，安全性高且疗效确切。