射精后肾疼的原因包括肾虚、精囊炎、肾结石等。
一、肾虚：如果患者长期有手淫行为，致使肾精不足，进而引发肾虚，就会出现射精后肾疼的情况，同时还伴有健忘、腰膝酸软、乏力、性功能减退等表现。对此，患者可在医生指导下使用河车大造丸、金匮肾气丸等中成药进行医治。河车大造丸，主要成分包含紫河车、熟地黄、天冬等，有滋阴清热、补肾益肺的功效，适用于肺肾两亏等病症；金匮肾气丸，主要由地黄、山药、山茱萸等组成，能温补肾阳、化气行水，可用于肾虚水肿等情况。
二、精囊炎：通常由大肠埃希菌、克雷伯产气杆菌、变形杆菌等细菌感染所致，在射精时会牵拉腰部神经，从而引起肾疼症状。患者可遵医嘱使用左氧氟沙星、环丙沙星等抗生素药物进行治疗。左氧氟沙星具有广谱抗菌作用，对多数肠杆菌科细菌等有较好的抗菌活性；环丙沙星对需氧革兰阴性杆菌的抗菌活性较高。
三、肾结石：是指晶体物质在尿液中析出并沉积在肾脏，射精可能导致肾结石活动，刺激肾脏而引发疼痛症状。患者可以考虑进行体外冲击波碎石手术治疗。
建议患者培养良好的生活方式，戒除自慰，保证充足睡眠，避免过度劳累。总之，当出现射精后肾疼时，应及时就医，明确具体病因，并采取相应的治疗措施。