眼部的扁平疣和脂肪颗粒通常有药物、物理、手术等治疗方式。具体如下：
一、药物治疗
1.外用药物：可在医生指导下使用干扰素凝胶、水杨酸软膏、氟尿嘧啶软膏、维甲酸软膏等药物涂抹于局部进行治疗。
2.口服药物：如遵医嘱口服阿昔洛韦、泛昔洛韦等抗病毒类药物，能起到有效的治疗作用。
二、物理治疗
患者可在医生指导下采用激光治疗、液氮冷冻等物理方法。这些方法能够直接作用于眼部的扁平疣和脂肪颗粒，使局部扁平疣和脂肪颗粒坏死后脱落，通常不会对患者皮肤造成严重影响，且治疗效果较好。
三、手术治疗
如果眼部的扁平疣和脂肪颗粒体积较大，通过药物和物理治疗无法去除时，患者还可采用切除手术的方式进行治疗，可使患者逐渐恢复。
总之，对于眼部扁平疣和脂肪颗粒的治疗，需要根据具体情况选择合适的治疗方法。