治疗卵巢囊肿的方法需根据囊肿的性质、大小、患者年龄等因素来定。一般来说，较小的生理性卵巢囊肿可能会自行消失，而病理性囊肿可能需要手术等干预。
观察等待法
无症状小囊肿： 如果卵巢囊肿直径小于5厘米，且没有明显症状，医生可能会建议定期复查，通常间隔3~6个月做一次超声检查，观察囊肿的变化情况。比如一些生理性的滤泡囊肿或黄体囊肿，有自行消退的可能。年轻无恶变倾向囊肿： 对于年轻患者，囊肿考虑为良性且无恶变倾向时，也可能先采取观察等待。但要密切关注自身症状，如出现下腹部疼痛、月经紊乱等情况需及时就医。
药物治疗
避孕药： 对于因内分泌失调引起的卵巢囊肿，短效避孕药可能有一定作用。它可以调节激素水平，抑制囊肿生长。不过服用避孕药需要在医生指导下进行，要注意药物的禁忌证，比如有严重肝脏疾病、血栓病史的人不适合使用。非甾体抗炎药： 如果囊肿引起疼痛症状，可短期使用非甾体抗炎药来缓解疼痛，像布洛芬等。但这类药物只能缓解症状，不能从根本上治疗囊肿。
手术治疗
卵巢囊肿剥除术： 适用于希望保留生育功能的患者。医生会尽可能去除囊肿，保留正常的卵巢组织。例如年轻的患者有较大的卵巢囊肿，且有生育需求时，多会选择这种手术方式。手术一般通过腹腔镜进行，创伤较小，恢复相对较快。患侧卵巢切除术： 当囊肿较大且怀疑有恶变可能，或者患者年龄较大、无生育需求时，可能会行患侧卵巢切除术。比如囊肿直径大于5厘米，且超声提示有恶性征象时，就需要考虑这种手术方式。全子宫及双侧附件切除术： 对于年龄较大、病情较重且无保留子宫及附件必要的患者，可能会采取这种手术方式，但这种情况相对较少见，一般是在囊肿为恶性且病情较严重时才会考虑。