支原体肺炎的症状表现多样，通常起病较缓慢，约1/3的病例无症状。发病后主要有以下常见症状：
呼吸系统症状
咳嗽： 是支原体肺炎最突出的症状，初期多为干咳，之后会逐渐加重，可持续2-3周甚至更久。有的孩子咳嗽较为剧烈，像刺激性呛咳，严重时可能影响睡眠和日常生活。咳痰： 一般咳痰量较少，偶尔可能会咳出少量黏痰，少数人可能会出现痰中带血的情况。
全身症状
发热： 体温可高可低，多为中等度发热，体温一般在38℃左右，也有部分患者体温会超过39℃，发热可持续2-3周，体温恢复正常后可能仍会有咳嗽等症状。乏力： 患者会感觉全身没力气，精神状态较差，活动耐力明显下降，比如原本能快速爬上楼，患病后可能爬几层楼就会觉得很累。头痛： 部分患者会出现头痛症状，疼痛程度因人而异，有的是轻微隐痛，有的可能相对较明显，但一般不会伴随剧烈呕吐等颅内压增高表现。
其他系统症状
咽喉疼痛： 咽喉部位可能会有疼痛感，吞咽时疼痛可能会加重，影响进食，尤其是儿童可能会表现出不爱吃东西。肌肉酸痛： 四肢、腰背等部位的肌肉可能会有酸痛感，活动时酸痛会更明显，像走路多了或者抬手等动作都会让肌肉酸痛加剧。