宝宝三个月晚上睡觉哭可能是由以下原因引起：
1.生理需求：宝宝可能因为饥饿、口渴、尿布湿了等原因而哭泣。
2.环境因素：宝宝的房间温度过高或过低、环境嘈杂、光线过强等都可能影响宝宝的睡眠。
3.身体不适：宝宝可能因为感冒、鼻塞、腹痛、腹胀等身体不适而哭泣。
4.缺乏安全感：宝宝三个月时还没有建立起很强的安全感，可能需要更多的安抚和陪伴。
5.睡眠习惯：宝宝可能还没有养成良好的睡眠习惯，需要逐渐培养。
如果宝宝晚上睡觉哭的情况持续较长时间或伴有其他异常症状，建议及时就医，以便确定具体原因并采取相应的治疗措施。同时，家长可以采取以下措施来缓解宝宝的不适：
1.检查宝宝的身体，确保其没有身体不适。
2.调整宝宝的房间环境，保持适宜的温度、湿度和光线。
3.给宝宝提供适当的安抚，如抱抱、拍拍、唱歌等。
4.逐渐培养宝宝的良好睡眠习惯，如固定的睡眠时间、睡前安抚等。