左侧附件囊肿是否会消失取决于其性质。若为生理性囊肿，可能会消失；若为病理性左侧附件囊肿，则可能不会消失。具体如下：
一、会消失：有些女性在黄体期时，因体内激素水平变化，可能导致左侧附件处出现黄体囊肿，这属于正常生理现象，黄体囊肿通常可自行消退，无需治疗。
二、不会消失：
1.如果是病理性左侧附件囊肿，就不会消失。比如女性左侧附件遭受细菌等病原体感染，对左侧附件产生显著刺激，引发左侧炎性附件囊肿，会出现发热、左侧小腹部疼痛等症状，若病情未得到规范治疗，左侧附件囊肿一般难以消失。
2.若出现左侧卵巢巧克力囊肿，其会随月经周期变化而有明显改变，但也可能不会消失，女性可能有月经异常改变、阴道流血、小腹部疼痛、进行性加重的痛经等表现，需在医生指导下进行治疗。
所以，当查出左侧附件囊肿时，建议进行彩超等检查以明确具体原因，再给予针对性处理，以免因处理不及时而延误病情。