患肛窦炎的治疗方法主要包括一般治疗、药物治疗和手术治疗等。一般来说，轻度肛窦炎通过规范治疗可较快缓解症状，中重度可能需要综合多种方法。
一般治疗
坐浴方法： 可以每天用温水坐浴，一般每次坐浴15~20分钟，能改善局部血液循环，减轻炎症水肿。坐浴时要注意水温适宜，避免烫伤。饮食调整： 要多吃富含膳食纤维的食物，如蔬菜、水果等，保持大便通畅，每天应保证摄入足够的蔬菜，像绿叶蔬菜每天最好有200~300克，水果可吃200克左右，避免大便干结刺激肛窦。同时要避免吃辛辣、油腻等刺激性食物，减少对肛门局部的刺激。
药物治疗
局部外用药物： 可以使用痔疮栓等药物塞入肛门内，起到消肿、止痛、消炎的作用。比如马应龙痔疮栓，能缓解肛窦炎引起的疼痛、坠胀等症状。还有一些中药坐浴方剂，也有清热利湿、消肿止痛的功效，可根据病情选用合适的中药配方进行坐浴。全身应用抗生素： 如果肛窦炎炎症比较明显，有全身感染症状，如发热等，可能需要全身应用抗生素。一般会根据病情选用对革兰阴性菌有效的抗生素，如头孢类抗生素等，但具体用药需由医生根据患者情况判断，患者不能自行随意使用。
手术治疗
肛窦切开术： 当肛窦炎形成脓肿，保守治疗无效时，可能需要进行肛窦切开术。手术是将肛窦及其周围感染组织切开，引流出脓液，促进愈合。一般适用于肛窦炎反复发作，形成脓肿等情况的患者。术后要注意伤口的护理，按时换药，保持局部清洁，促进伤口愈合。肛窦切除术： 对于病情较严重，肛窦病变范围较大的患者，可能会考虑肛窦切除术。切除病变的肛窦组织，防止炎症再次发作。但手术有一定的创伤，术后恢复需要一定时间，患者要遵循医生的术后康复指导。