霉菌性尿道炎主要通过抗真菌药物治疗，常用的药物有氟康唑等，一般需要规范用药一段时间。
常用抗真菌药物
氟康唑： 属于三唑类抗真菌药，能抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成，从而发挥抗真菌作用。它对霉菌性尿道炎有较好的疗效。伊曲康唑： 也是一种广谱抗真菌药，通过干扰真菌细胞色素P450的活性，影响真菌细胞膜合成，对霉菌性尿道炎有一定的治疗效果。
治疗中的注意事项
个人卫生方面： 患者要保持外生殖器清洁干燥，每天用清水清洗尿道口等部位，更换内裤，内裤最好选择棉质、宽松的，洗后在阳光下暴晒，以起到杀菌作用。一般建议每天更换一次内裤。避免交叉感染： 在治疗期间应避免性生活，防止将霉菌传染给性伴侣。如果性伴侣有相关症状也需要一起检查治疗。
特殊人群的情况
女性患者： 女性在月经期间更要注意卫生，使用合格的卫生巾，并且要及时更换。如果同时患有霉菌性阴道炎，要同步治疗，因为两者容易相互影响。免疫力低下人群： 比如糖尿病患者、长期使用免疫抑制剂的人，治疗霉菌性尿道炎时除了抗真菌治疗，还要积极控制基础疾病。糖尿病患者要将血糖控制在合理范围，一般空腹血糖应控制在7mmol/L左右，餐后血糖控制在10mmol/L左右，这样才能更好地促进霉菌性尿道炎的康复。