男性肛门内尖锐湿疣可通过手术切除、激光治疗等方式进行医治。因部位特殊，必须做好防护，不然易致疾病反复发作。
一、手术切除：若肛门内（齿状线以上）出现尖锐湿疣，可选择直接手术切除，一次性将尖锐湿疣清除干净，以达成去除疣体的目的。
二、激光治疗：要是尖锐湿疣较为靠近齿状线，可用扩肛镜将肛门扩开，直接以激光使尖锐湿疣气化，实现去除疣体，这种方式创伤相对较小，住院时间短，利于快速恢复。
临床用于治疗尖锐湿疣的外用药物，如鬼臼毒素软膏、咪喹莫特乳膏等，通常不建议用于肛门内部黏膜，所以不适用于此情况。但在皮肤组织基本愈合后，可使用重组人干扰素α2b凝胶、抗HPV生物蛋白敷料等涂抹，以预防再次感染。
总之，对于男性肛门内尖锐湿疣的治疗，要根据具体情况选择合适的方法，同时注意后续的防护和预防感染措施。