尿路感染是由多种因素导致的，大约50%的女性在一生中至少会发生一次尿路感染。
尿路结构与细菌入侵
尿道短且直：女性的尿道较短，大约3~5厘米，而且直，这使得细菌更容易从尿道外口进入膀胱等尿路部位。比如，女性在性生活后，细菌就较容易沿着短而直的尿道上行引发感染。尿路梗阻：当尿路存在结石、肿瘤等情况时，会导致尿液排出不畅。尿液潴留会使细菌容易在局部繁殖，从而增加尿路感染的风险。像尿路结石患者，结石阻碍尿液流动，细菌就容易在受阻部位滋生。
机体自身防御功能
局部防御能力下降：比如糖尿病患者，由于血糖控制不佳，尿液中含糖量高，有利于细菌生长。另外，绝经后的女性，雌激素水平降低，阴道和尿道的局部防御能力减弱，也更容易发生尿路感染。免疫力低下：长期患有慢性疾病，如艾滋病、慢性肾病等，或者长期使用免疫抑制剂的人群，机体免疫力较低，对细菌的抵御能力减弱，容易受到细菌侵袭引发尿路感染。例如，长期使用糖皮质激素治疗的患者，免疫力受到抑制，尿路感染的发生率会升高。
医源性因素
导尿等操作：在医院进行导尿、膀胱镜检查等操作时，如果操作不规范，可能会将细菌带入尿路，引起尿路感染。据统计，因导尿引起的尿路感染占医院内感染的30%以上。尿道插管：长期留置导尿管的患者，尿管会破坏尿道的黏膜屏障，为细菌入侵提供通道，大大增加了尿路感染的可能性。一般留置导尿管超过3天，尿路感染的发生率会明显上升。