胃肠道间质瘤的治疗方式主要有以下两种：
一、手术方式，这其中又包含多种具体形式：
1.微创治疗，常见的如腹腔镜下胃肠间质瘤切除术；
2.较为高精尖的机器人胃肠间质瘤切除术；
3.胃肠镜下胃间质瘤切除手术，但这种手术难度极大，仅能在少数医院开展。
二、分子靶向药物的基因治疗，对于麻醉评估不合格或肿瘤转移侵犯广泛而不适合手术的情况，往往需先采取此治疗方式，待肿瘤缩小后再行手术治疗。
总体而言，手术仍是目前治疗胃肠道间质瘤的最主要措施，也是最可靠的治疗方式。专家提示：胃肠道间质瘤治疗方式包括手术方式和分子靶向药物的基因治疗。手术方式主要有腹腔镜下、高精尖机器人、经胃肠镜下等胃肠间质瘤切除手术。分子靶向药物的基因治疗则适用于麻醉评估不合格或肿瘤广泛转移侵犯不适合手术的情况。