卵巢囊肿是否影响怀孕不能一概而论，一般直径小于5厘米的生理性卵巢囊肿通常不影响怀孕，而直径较大或病理性的卵巢囊肿约30%可能影响怀孕。
囊肿性质与大小的影响
生理性卵巢囊肿： 常见于月经周期中，多为直径小于5厘米的滤泡囊肿或黄体囊肿，一般在月经干净后可自行消失，通常不影响排卵和受孕，对怀孕基本无影响。比如在育龄女性中，约15% - 20%会出现生理性卵巢囊肿，大多不干扰怀孕过程。病理性卵巢囊肿： 如果是子宫内膜异位囊肿（巧克力囊肿），它会影响卵巢功能和盆腔环境，约50% - 70%的患者会有不孕问题。还有卵巢浆液性囊腺瘤、黏液性囊腺瘤等，较大的囊肿可能会占据盆腔空间，压迫输卵管，影响卵子拾取和受精卵运输，从而影响怀孕。一般直径超过5厘米的囊肿，影响怀孕的风险相对较高。
对排卵及激素的影响
影响排卵： 某些卵巢囊肿会破坏卵巢正常的排卵结构，比如卵巢冠囊肿，若生长位置特殊，可能会阻碍卵泡的正常排出。而多囊卵巢综合征患者常伴有卵巢多发性囊肿，会导致排卵异常，据统计，多囊卵巢综合征患者不孕率约为75%。干扰激素分泌： 一些卵巢囊肿会分泌异常激素，影响内分泌平衡。例如卵巢睾丸母细胞瘤，会分泌雄激素，导致女性出现男性化表现，同时严重干扰正常的月经周期和排卵，极大影响怀孕几率。
不同人群的怀孕影响差异
年轻未育女性： 年轻女性的卵巢功能相对较好，但如果有卵巢囊肿，即使是良性囊肿，较大的也可能影响卵巢组织，进而影响未来的生育能力。比如一位25岁女性患有5厘米以上的卵巢囊肿，若不及时处理，随着时间推移，可能会对卵巢储备功能产生一定不良影响，降低未来受孕的可能性。高龄备孕女性： 高龄女性本身受孕能力下降，若同时患有卵巢囊肿，尤其是病理性囊肿，怀孕难度会进一步增加。据研究，35岁以上高龄备孕女性合并卵巢囊肿时，不孕的发生率比年轻女性更高，可能高达60%以上。