衣原体和支原体感染的症状表现因感染部位不同而有所差异。例如，泌尿生殖道感染衣原体或支原体时，男性可能出现尿道刺痒、灼痛，还可能有尿频、尿急，尿道口轻度红肿，分泌物稀薄，量少，为浆液性或脓性，晨起有“糊口”现象；女性感染后可能出现白带增多，宫颈水肿、糜烂，外阴瘙痒、灼热感等。
泌尿生殖道感染症状
男性表现：除了上述尿道刺痒、灼痛等，部分患者还可能出现附睾炎，表现为附睾肿大、疼痛、触痛明显等。一般症状可能在感染后1-3周左右逐渐显现。女性表现：除了白带异常、宫颈问题外，可能引发盆腔炎，出现下腹部疼痛、发热、阴道异常出血等，严重时可能影响生育功能。
呼吸道感染症状
儿童感染：如果是衣原体或支原体引起的肺炎，儿童可能出现发热，体温可高达39℃左右，咳嗽较为剧烈，多为刺激性干咳，可持续较长时间，还可能伴有乏力、食欲不振等全身症状。成人感染：成人呼吸道感染衣原体或支原体时，发热程度不一，咳嗽也是常见症状，可为干咳或伴有少量黏痰，部分人可能出现咽痛、头痛等症状。
眼部感染症状
如果是衣原体感染引起的沙眼，急性期患者会出现眼红、眼痛、异物感、流泪、黏液脓性分泌物等症状，眼睑红肿，结膜充血水肿，有乳头增生等；慢性期可能会出现眼睑内翻、倒睫、角膜混浊等并发症，影响视力。而支原体感染引起的眼部炎症相对较少见，但也可能出现类似结膜炎的表现，如眼部不适、轻度充血等。