舌根溃疡的引起原因有多种。一般来说，创伤性因素是常见原因之一，比如吃饭时不小心咬到舌根，或者进食了过于尖锐、粗糙的食物划伤舌根，就可能导致溃疡，这种情况较为常见。
创伤性因素：
牙齿咬伤： 有的人牙齿排列不整齐，或者在咀嚼时注意力不集中，就容易不小心咬伤舌根，从而引发溃疡。这种情况下，溃疡通常会有明显的咬伤痕迹，疼痛可能相对较明显。食物刺激： 进食了过烫、过辣的食物，会对舌根黏膜造成损伤，进而引发溃疡。例如吃了刚出锅的很烫的火锅，或者吃了特别辣的辣椒等，都可能刺激舌根出现溃疡。
感染因素：
病毒感染： 像单纯疱疹病毒感染就可能导致舌根出现溃疡。单纯疱疹病毒感染后，会在口腔黏膜等部位引起疱疹，之后疱疹破溃形成溃疡。一般来说，这种溃疡可能会伴有疼痛、局部红肿等表现，而且具有一定的传染性，可能会在人群中传播。细菌感染： 口腔内的一些细菌感染也可能波及舌根引发溃疡。比如口腔卫生不良时，细菌滋生，可能导致舌根黏膜发生炎症反应，进而形成溃疡。
全身因素：
营养不良： 当人体缺乏维生素B族、维生素C等营养素时，容易出现舌根溃疡。例如长期挑食、节食的人，很可能会因为营养摄入不均衡而缺乏这些维生素，从而引发溃疡。一般来说，缺乏维生素B₂时，可能会更易出现口腔黏膜的问题，包括舌根溃疡。免疫力低下： 患有某些疾病导致免疫力低下时，比如艾滋病患者，或者长期熬夜、过度劳累等使自身免疫力下降的人，更容易受到各种病原体的侵袭，从而引发舌根溃疡。免疫力低下时，口腔黏膜的防御能力减弱，就容易出现溃疡等问题。