舌根部痛可能由多种原因引起。比如，口腔溃疡可能导致舌根部疼痛，这种情况较为常见，约有20%左右的人群会偶尔发生口腔溃疡。
局部炎症因素
口腔局部感染： 当舌根部受到细菌、病毒感染时会引发炎症导致疼痛。例如疱疹性口炎，由单纯疱疹病毒引起，可在舌根部出现成簇的小水疱，破溃后形成溃疡，伴有明显疼痛。慢性咽炎累及舌根： 慢性咽炎患者炎症可蔓延至舌根部，使舌根部淋巴滤泡增生，从而引起疼痛，这种情况在长期吸烟、饮酒或用嗓过度的人群中较为多见。
机械性损伤原因
饮食刺激： 过烫、过于尖锐粗糙的食物可能划伤舌根部黏膜，导致疼痛。比如吃火锅时，温度过高的食物容易烫伤舌根部，一般在进食后短时间内就会出现疼痛不适。牙齿问题： 牙齿残根、锐利的牙尖等可能反复摩擦舌根部，长期刺激可引起舌根部疼痛，这类情况在有牙齿病变的人群中发生率约为15%。
神经系统因素
舌咽神经痛： 这是一种较为少见但疼痛较剧烈的情况，疼痛可发生在舌根部、咽喉等部位，疼痛性质多为针刺样、电击样，每次发作持续数秒至数十秒，可因吞咽、说话等动作诱发。三叉神经痛累及舌根： 三叉神经的分支可能影响到舌根部，导致疼痛，疼痛突发突止，疼痛程度较为剧烈。
全身性疾病影响
贫血： 严重贫血时，机体抵抗力下降，可能出现舌部黏膜病变，导致舌根部疼痛，这类患者通常还伴有面色苍白、乏力等表现。维生素缺乏： 缺乏维生素B族等营养物质时，可能引起舌炎，进而导致舌根部疼痛，比如维生素B2缺乏常引发口角炎、舌炎等，约有10%的维生素缺乏人群会出现舌根部相关症状。