怀孕两个月肚子疼可能由异常妊娠或其他疾病引起。
一、异常妊娠：
1.先兆流产：怀孕两个月肚子疼，可能是这种情况导致。此时需尽快到医院进行B超检查，若显示子宫腔内有积血，那就很可能是先兆流产。
2.宫外孕：若检查显示胚胎长在子宫以外的位置，说明是宫外孕，这都需要尽快进行相应治疗。
二、其他疾病：
1.肠炎：肠炎引发的肠绞痛也可能导致怀孕两个月肚子疼。
2.盆腔炎：盆腔炎引起的神经性疼痛同样会出现这种症状。
3.泌尿系结石：泌尿系结石导致输尿管痉挛从而引起肚子疼。
总之，怀孕两个月肚子疼的原因较为复杂，需要及时就医检查，明确具体原因以便采取合适的治疗措施。